伊犁河景色
18世纪60年代以后，清朝政府为进一步加强新疆边防，从东北陆续抽调满、锡伯、索伦（达斡尔）等族官兵驻防新疆，他们成为新疆少数民族中的新成员。以后，又有俄罗斯、塔塔尔等民族移居新疆。
至19世纪末，新疆已有维吾尔、汉、哈萨克、蒙古、回、柯尔克孜、满、锡伯、塔吉克、达斡尔、乌孜别克、塔塔尔、俄罗斯共13个民族，以维吾尔族为主体，奠定今天新疆多民族分布的基本格局。
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新疆自古是多宗教的地方
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喀什莫尔佛塔
新疆历史上就是一个多种宗教并存的地区。目前，新疆有伊斯兰教、佛教、基督教、天主教、道教等。新疆的宗教发展演变，大致经历了四个阶段，即原始宗教阶段、佛教为主要宗教的多种宗教并存的形成阶段、伊斯兰教与佛教并立为主要宗教的多种宗教并存的演变阶段、伊斯兰教为主要宗教的多种宗教并存的发展阶段。
早在伊斯兰教传入前，祆教、佛教、道教、摩尼教、景教等多种宗教，就相继沿着丝绸之路传播到新疆，与当地土生土长的原始宗教一起在各地流传。伊斯兰教传入后，新疆不仅继续维持了多种宗教并存的局面，而且又有基督教、天主教等宗教传入。
新疆最大的天主教堂
9世纪末10世纪初，伊斯兰教经中亚传入新疆南部地区。10世纪中叶，信仰伊斯兰教的喀喇汗王朝发动了对于阗佛教王国历时40余年的宗教战争，于11世纪初灭亡于阗，把伊斯兰教推行到和阗地区。14世纪中叶起，在察合台汗国（蒙古成吉思汗二子察合台在西域建立的藩属国）的强制推行下，伊斯兰教逐渐成为察合台汗国的蒙古人、维吾尔人、哈萨克人、柯尔克孜人、塔吉克人等信仰的主要宗教。16世纪初，伊斯兰教最终取代佛教成为新疆的主要宗教。
克孜尔千佛洞
伊斯兰教成为维吾尔等民族信仰的主要宗教后，原来主要由这些民族信仰的祆教、摩尼教、景教在新疆随之逐渐消失，但佛教、道教仍然存在。从明朝起，藏传佛教还有了重大发展，成为与伊斯兰教并列的新疆两大主要宗教。
大约从十八世纪起，基督教、天主教相继传入新疆，佛教、道教和萨满教也有了较大发展。这些宗教的寺院、教堂遍布天山南北，有些穆斯林甚至改信了佛教、基督教等宗教。
新疆宗教史表明，维吾尔及其先民信仰过多种宗教，信仰伊斯兰教不过数百年，新疆历史上更多地是少数民族反抗压迫的阶级斗争，而不是宗教战争。
