绳文时代始于公元前12000年、结束于公元前300年。绳文时代结束之后日本便进入了600年左右的弥生时代（公元前300-公元250年）。在弥生时代日本的人种发生了很大的变化：大量身材较高、面部白净修长的人种出现了，他们跟亚洲大陆的中国人和朝鲜人比较相似。之前绳文时代的人种却身材粗壮矮小、毛发浓重，有着棱角分明的短脸、凹陷的鼻子和一张大饼脸，这更像现在分布于北海道的阿伊努人。

实际上日本最早的原住民就是那些大饼脸、身材矮小的阿伊努人：他们的祖先是新石器时期早期（约六、七千年以前）就已迁居到日本。最鼎盛时期这个民族广泛分布于日本群岛各地以及周边的库页岛、千岛群岛、勘察加半岛以及中国东北、俄国远东等地。严格意义上阿伊努人才是日本群岛最早的主人，但他们就像美洲印第安人面对白人移民一样被后来迁入日本群岛的和族逐渐排挤。

那么作为如今日本主体民族的和族又是从何而来呢？首先可以确定的是和族最早的祖先必然是来自亚洲大陆，除非日本这个弹丸小岛能支撑起一个独立民族的起源。考古学界目前大致确定的是：目前日本主体民族大和族的祖先早在公元前的某个时间就开始了向日本的持续且不断增长的移民迁徙。这些移民大抵是黄皮肤的蒙古人种，也有少部分的高加索人和矮黑人，所以如今日本总体上黄种人的基因呈显性。

如今的日本和族其实主要是由在日本弥生代时期中国淮河下游及长江下游地区的汉族移民融合先前来自西伯利亚及中国东北的通古斯人、南洋群岛的马来人、中南半岛的印支人及古代朝鲜人而成。他们沿着朝鲜半岛南下渡过海峡后登上了这个位于东亚尽头、曙光总是第一抹升起却是火山密布的列岛。由此可见日本和族其实是一个各族混合的典型“杂种”民族。