之后，学业开始繁重了起来，爸爸也不想让小乃文再分心演话剧了。高中毕业后，李乃文考入了中央戏剧学院表演系。毕业后的李乃文也有过迷茫期，但热爱话剧的初心一直没有变化。直到1998年，“千里马”遇上了“伯乐”，他遇见了刚从日本归来要重排话剧《思凡》的孟京辉。

接下来，李乃文的话剧生涯开启了。李乃文与孟京辉、赖声川、林兆华、田沁鑫等著名话剧导演合作过《恋爱的犀牛》，《一个无政府主义者的意外死亡》，《他没有两个老婆》，《查理三世》，《生活秀》等多部经典话剧。扎实的声台形表基本功，使得李乃文在话剧舞台上理解和塑造人物显得更加的游刃有余。一个文艺青年，就这么踏踏实实的在话剧舞台上磨练了7年。

影视剧中，李乃文也曾塑造过很多脍炙人口的人物，《钢的琴》里的文艺父亲陈桂林是他，《结婚前规则》里的抠门老板周凡是他，《爷们儿》里的另类爷们儿刘全有也是他，《谜砂》里有趣的反面人物更是他……