康熙帝看到奏章后，派大臣前往布达拉宫，调查仓央嘉措的真实身份。

仓央嘉措被清朝大臣命令脱光衣服坐在床上，清朝大臣围着仓央嘉措转圈，期待能看出什么不同寻常的事物来。

但是研究后却什么都没看出来，清朝大臣上表康熙皇帝说：没有看出什么不同寻常之处，倒是六世达赖喇嘛确实有佛像。

但是康熙皇帝还是担心仓央嘉措谋反，便让钦差带仓央嘉措回京城。

拉藏汗想自己*了仓央嘉措，就找借口抗旨，钦差大臣禀报康熙帝，康熙帝表示：没事，他自己会送过来的。

不出康熙帝所料，1706年，拉藏汗强行将仓央嘉措押往京师。

这里，对于仓央嘉措被押送京师后的结局，在众多资料里又有了不同的说法。

说法一：《清史稿》和《蒙藏佛教史》记载：仓央嘉措在被押送至北京的路上，死于青海。

根据西藏的习俗‘行事悖乱者抛弃尸骸’，所以25岁的仓央嘉措，就被扔掉了，《蒙藏佛教史》上称为“道死”和“圆寂”。

说法二：《西藏民族政教史》中则表示：押送仓央嘉措到青海湖时，康熙临时降旨责怪两位钦差办事不力。

两位钦差正不知如何是好时，仓央嘉便自己离开了，并周游各处，宣扬佛法，普度众生。

钦差因为丢了人，没办法交待，只好上报圆寂，了却一场公案。