三叶木通总状花序自短枝上簇生叶中抽出，下部有1-2朵雌花，以上约有15-30朵雄花，长6-16厘米；总花梗纤细，长约5厘米。雄花：花梗丝状，长2-5毫米；萼片3，淡紫色，阔椭圆形或椭圆形，长2.5-3毫米；雄蕊6，离生，排列为杯状，花丝极短，药室在开花时内弯；退化心皮3，长圆状锥形。雌花：花梗稍较雄花的粗，长1.5-3厘米；萼片3，紫褐色，近圆形，长约10-12毫米，宽约10毫米，先端圆而略凹入，开花时广展反折；退化雄蕊6枚或更多，小，长圆形，无花丝；心皮3-9枚，离生，圆柱形，直，长（3）4-6毫米，柱头头状，具乳凸，橙黄色。

三叶木通果长圆形，长6-8厘米，直径2-4厘米，直或稍弯，成熟时灰白略带淡紫色；种子极多数，扁卵形，长5-7毫米，宽4-5毫米，种皮红褐色或黑褐色，稍有光泽。

三叶木通的果、根、茎、种子均可入药，三叶木通全株均可入药。