事情还要从一位冒险家说起，他在非洲勘探多年，把自己的经历编撰成一本《自然历史纪录》，然而时运不济，这部作品无人问津，冒险家也郁郁而终。直到多年之后，《自然历史纪录》辗转到了斯宾塞家族手中，年轻的族长奥斯威尔·E·斯宾塞碰巧翻看，对书籍记载的可以增强寿命与力量的“太阳阶梯”十分感兴趣。于是斯宾塞找来好友爱德华·阿什福得与其同学詹姆斯·马库斯博士开始研究。马库斯博士就在这“太阳阶梯”中提取出了万恶之源——始祖病毒。

为了更好的进行研究，三人合力创建了保护伞公司，在世界各地设立研究所，其中一处就位于浣熊市郊区的洋馆当中，这里的地下与市属警察局相连接，后来也成为系列几部优秀作品的重要舞台。

进行研究的马库斯博士日益陷入疯狂，甚至不惜利用所内成员作为实验对象。然而，事情败露，马库斯被扫地出门，爱德华也不慎感染病毒早已去世。独揽大权的斯宾塞为捍卫地位派人暗*了马库斯，抛尸下水道，并提拔了马库斯的学生威廉继任所长。至此，生化危机系列的故事正式开始。

在系列时间线最早的序号作品《生化危机0》中，浣熊市警察局S.T.A.R.S.的精英Bravo小队成员主角瑞贝卡，为调查连环*人案件乘火车来到郊区洋馆附近。

不幸的是，马库斯被暗*之时被感染始祖病毒的水蛭女王寄生，此时复活的他释放了T病毒，袭击了火车，誓要向保护伞报仇。瑞贝卡在调查时偶遇逃犯比利，为揭开真相，两人合作开始了逃出生天的惊险探索。