重庆大学是教育部直属985大学，全国排名第33位，是重庆最好的大学。2000年由原重庆大学、重庆建筑大学、重庆建筑高等专科学校三校合并组建。原重庆大学是1929年在刘湘（驻守重庆的国民革命军21军军长，后成为四川主席）的支持下创办，刘湘亲任第一任校长。1937年国立中央大学与重庆大学合作办学，实现资源共享。重庆建筑大学是52年由重庆大学、川北大学、云南大学、贵州大学等9所大学的木土、建筑系科合并组建。

重庆大学拥有机械传动、输配电装备及系统安全与新技术、煤矿灾害动力学与控制3个国家重点实验室；复杂煤层瓦斯抽采国家地方联合工程实验室。光电技术与系统、三峡库区生态环境、山地城镇建设与新技术、生物流变科学与技术、飞行器测控与通信、低品位能源利用技术及系统、信息物理社会可信服务计算7个教育部重点实验室。此外，拥有7个专职的两院院士。

重庆大学在沙坪坝的三个校区相邻，沙坪坝的三个校区分别是原来合并的三个学校。虎溪校区在大学城，在重庆西边璧山区的虎溪镇，大学城校区比较偏。

重庆大学的三本院校叫城市科技学院。有永川和巴南(在建中)两个校区，总占地约2000亩(永川主校区1400余亩，巴南新校区577余亩)。现有教职工1500余人，其中专任教师1000余人。现建成囊括建筑类、电气技术类、数字技术类、机械电子类、经济类、人文艺术类等专业群。

西南大学是教育部直属，且由教育部、农业部与重庆市共建高校。全国排名38位。也是袁隆平的母校。2002年由原西南师范大学与西南农业大学合并组建。西南农学院的前身是全国的院系调整时，四川大学、云南大学、贵州大学、重庆大学、川北大学等的农业系科合并组成。2001年，又合并了四川畜牧兽医学院和中国农业科学院柑桔研究所。合并前的西南师范大学属于教育部直属的211院校。

西南大学的世界一流学科建设学科为生物学；国家重点学科是课程与教学论、基础心理学、特种经济动物饲养（蚕学）；国家重点（培育）学科是生态学、果树学。

西南大学由北碚校区、荣昌校区、西塔学院、中国农业科学院柑桔研究所（北培）、合川农场实验基地五部分组成，其中北碚校区是西南大学本部。学校占地9000余亩，专任教师约3000人。西南大学本部占地面积6500余亩，建有校史馆、自然博物馆、历史博物馆、天文馆、地质馆、光大礼堂、跆拳道馆、西南大学宾馆、电影院等。校园内保留有川东行署旧址、吴宓旧居等许多历史性建筑。荣昌校区占地约500亩，始建于1938年，抗战时期为中央畜牧实验所、中央血清研究所、中央农业实验所，解放后为四川省荣昌畜牧兽医学校，1978年升建为四川畜牧兽医学院。西塔学院位于渝北区，占地105亩。属于西南大学和澳大利亚合作办学。其前身为并入西南师范大学的重庆轻工业职工大学。

中国农业科学院柑桔研究所（西南大学柑桔研究所）位于重庆市北碚区，占地面积1900亩，是唯一的国家级柑桔专业科研机构。由中国农科院与西南农大共建。西南大学拥有家蚕基因组生物学国家重点实验室；重庆市三峡库区生态环境与生物资源省部共建国家重点实验室培育基地；认知与人格、三峡库区生态环境、发光与实时分析化学、淡水鱼类资源与生殖发育、南方山地园艺学5个教育部重点实验室；蚕桑功能基因组与生物技术、西南作物遗传改良与育种、西南耕地保育、农产品贮藏保鲜质量安全风险评估、柑桔产品质量安全风险评估农业部重点实验室；体质评价与运动机能监控国家体育总局重点实验室。