1908年11月14日，也就是慈禧太后去世的前一天，她和往常一样六点起床，召见军机大臣，而后又和光绪皇帝的遗孀（隆裕皇后）、监国摄政王及其福晋荣禄之女交谈多时，并以年幼新帝的名义下了一道谕旨，尊封自己为太皇太后、尊封皇后为皇太后，计划在册封当天举行隆重的受封大典，同时宣布让摄政王载沣监国。
在过去的一段时间里，慈禧太后辛劳疲惫、心焦气躁，导致了旧病复发，再加上长久以来受到痢疾折磨，元气大伤。她自己意识到所剩时日无多，所以赶紧急召皇太后、监国摄政王和军机大臣进宫，颁布了以下这道很有深意的谕旨。全文如下：
奉太皇太后懿旨：昨已降谕，以醇亲王为监国摄政王，禀承予之训示，处理国事。现予病势危机，自知不起，此后国政，即完全交付监国摄政王，若有重要之事，必须禀询皇太后者，即由监国摄政王禀询裁夺。
但凡了解慈禧生平和宫廷历史的人看到这道谕旨，都知道其中结尾的几句话意义非凡。这道谕旨措辞独特，想要给新册封的皇太后以及叶赫那拉家族提供机会参与国家要事，保住叶赫那拉家族的权威和地位。
万一摄政王及其一党有任何图谋不轨的敌对行为，新太后即可凭借此谕旨加以干涉。直隶总督端方因为在慈禧太后葬礼上失敬被撤职，就是很好的证明。由此也可以看出，隆裕太后效仿当年慈禧不失时机的树立权威，以维护叶赫那拉家族的地位。
这样一来，载沣的监国摄政王一职确实难当，载沣在这场权力斗争中举步维艰。
慈禧太后下发完了这道谕旨以后，病情日益严重，她下令起草遗诏，军机处大臣草拟后进呈慈禧，经过审阅后，太后修改了多处，又添加了一句话，这句话甚是引人注意。
慈禧称自己：“垂帘听政实为不可推卸的责任使然，迫于形势她必须那么做，然而不知情者总是认为她贪恋权力，将她为大清国的福祉而做出的牺牲误解为个人的野心与对权力的*。”
在遗诏中，慈禧称自己此生没有遗憾，唯愿能够多活些年日为大清尽忠。接着慈禧情辞恳切的和自己的侍从以及宫女们道别，在场者无不伤心落泪。末了，太后神志还是一如往昔的清醒，弥留之际语气平和，一如平常，好像即将启程去颐和园一样。
每次身边的人认为太后即将殡天的时候，她就又恢复了神志，一直到最后，床榻边的人无不希望她能够从死亡线上挣脱出来。在她最后弥留的时候，按照中国习俗，他们请慈禧宣读最后的遗诏。
然而这位掌管大清朝政权长达半个世纪之久的传奇女性最后的话却出人意料，她说道：“再不允许女人掌权，女子干政违背我朝律法，理应严厉禁止。同时需要警惕，决不允许太监扰乱朝纲。明朝就是被太监毁掉的，理应为我臣民前车之鉴。”说完，慈禧太后薨。
然而仅仅几个小时之前，慈禧才刚将权力移交给自己同族的一个女氏宗亲。如今面对前方险恶的局势，她犹豫了，迟疑是否应该让这个造成混乱现状的体系经久不衰的运作下去。
慈禧深知，这样女性统治的方式。不管落到谁的手中，这种统治制度只能带来混乱。
1908年11月15日下午三时，慈禧太后驾崩，死时面向南方。根据中国人的观点，君主临终必须向南。据当时在场的人记录，太后死的时候口张不闭，中国人解释为其灵魂不愿离开体魄，不愿起程归于九泉。
宫女们为慈禧换上了龙袍，连同光绪皇帝的遗体一起由西苑奉移到了紫禁城，沿途臣民皆跪于两旁，到达紫禁城后，遗体分别安放在不同的大殿。
慈禧死后，共获得了二十二个字的徽号（其他皇后只有16个字），其中十六个字是她生前已有，另外六字则为皇帝宣告太后殡天及赞扬太后之德的诏书追谥。在大清国史中，慈禧被称作“孝贞显皇后”。
据中国尊称法记载，慈禧太后称号之尊贵、之隆重，没有第二位女性可与之匹敌。
