北京南站前身是永定门火车站，原来北京开往各郊区县的火车都在这里乘坐，比如去京郊门头沟的三家店、木城涧、大台；房山燕化、周口店；丰台大灰厂、长辛店；大兴的魏善庄、西枣林等地。
2008年，为了迎接奥运会，经过大规模改造的北京南站竣工，成为一座高铁站，分为京津城际场，京沪高铁场和京沪普速场，客流量非常庞大。在2021年五一假期，北京南站日发送旅客达12万人次。
北京南站地上2层，地下3层。旅客2层高架候车，1层是站台，出站口位于地下一层，地下二，三层是地铁站台。建成之初的北京南站，看起来宽敞明亮，舒适现代，但旅客实际使用之后，才发现在设计上存在很多问题。
首先，南北两侧的地面进站口狭小，旅客经常排队很长时间，才能通过安检；进站后，只有两个扶梯可以上候车厅，效率显得低下。而二楼落客平台的东西进站口是旅客最多的地方，正对中间的候车区，显得十分拥挤。
