灵芝因含木质，保存较易。可以将灵芝自然晒干或烘干后，用密封的袋子包装好，放在干燥清洁的玻璃瓶中或坛中，将瓶盖封严，搁置在干燥处，以防虫蛀和发霉。最好不要放冰箱中，因为冰箱中易受潮，且易细菌繁殖。

新鲜的灵芝可以直接食用，但保存期很短；吃不完的，也可以晒干后密封保存。市场上散装的灵芝，使用前最好清洗后食用。

一般来说，经过加工的灵芝产品保质期在18~24个月之间，而未经加工的灵芝原材料产品保质期可达三年，三年后灵芝产品的有效成分会逐渐因被氧化而流失，无法达到原有的的疗效。