花芽分化分为生理分化期和形态分化期。先于形态分化一月左右，两广柑橘一般在10月底至11月内进入生理分化期，累积组建花芽的营养物质、激素调节物质、遗传物质等，共同协调作用的过程和结果，是各种物质在生长点细胞群中，从量变到质变过程，为形态分化奠定物质基础。这时的叶芽生长点组织，尚未发生形态分化。
形态分化期：
依形态变化划分为（1）花芽分化初期、（2）花萼分化期、（3）花瓣分化期、（4）雄蕊分化期、（5）雌蕊分化期等5个时期。
生理分化完成前后，在植株体内激素和日照、温度等内、外界条件调节影响下，叶原基的物质代谢及生长点组织形态开始发生变化，逐渐可区分出花芽和叶芽，这就进入了花芽的形态分化期，并逐渐发育形成花萼、花瓣、小蕊、雌蕊，直到开花前才完成整个花器的发育。通常说的花芽分化期，即指形态分化时期。从11月下旬开始至次年的3月中下旬结束，历时120天。
在柑桔品种中，脐橙、普通甜橙和夏橙的花芽分化初期比宽皮柑桔早5天左右，初花期也相应早2～3天。甜橙类以花序花为主，顶芽先分化,然后按顺序由上而下的腋芽分化。宽皮柑桔多为复芽，一节有多个花芽，以中央一个先分化,随后两侧副芽依次分化。
(1)花芽分化初期：从11月下旬开始至12月中旬结束，约需30天，12月中旬进入分化高峰期，分化率为50%～75%。芽体外观显示饱满肥圆，鳞片紧包，主芽生长点开始向边缘扩宽，中央稍宽平。春梢比秋梢分化期约提早5天左右。
(2)花萼分化期：受冬季低温的影响，花芽分化初期到花萼分化期间隔时间较长，约需20～25天。花萼分化期从12月中下旬开始至次年1月中旬结束，为期20～30天，1月上旬进入分化高峰期。茂谷柑、砂糖桔和贡柑等，分化率为50%～75%；早熟温州蜜柑分化稍晚，分化率为25%～50%；不知火抽发晚秋梢，分化最晚，分化率为50%。此时期芽体外形为鳞片外层向外微微松开，主花芽生长点宽平，两端微隆起，突出部分为花萼原基。副芽生长点突起变平宽，系花芽分化初期开始。同时叶芽生长点尖细隆起，1月中下旬生长点伸长冲破鳞片露出白点，即为春梢萌芽期。春梢萌动最早，次为秋梢。
如何判断柑橘进入花芽分化？
以下是从柑橘秋梢老熟后，进入花芽分化期时从枝条、叶片上分辨是否进入花芽分化阶段的一些经验，仅供学习参考。
一般的，进入12月份，已经进入花芽形态分化阶段的植株，枝条硬朗、颜色呈深绿色；叶片直挺厚绿，叶脉翠绿，叶面泛灰白点、微凸（区别于红蜘蛛危害），稍卷缩，手掌型摊开稍微向后弯卷，类似轻微萎蔫状。
枝叶深绿，硬朗，微卷：
