明朝建立之前，早在1356年，朱元璋在应天府设立江南行中书省。洪武十一年（1379年）正月改南京为京师，永乐十九年（1421年）正月改称南京，洪熙元年（1425年）三月仍为京师，正统六年（1441年）十一月复称南京。

明代南京县级的管辖区域，多沿用元末的县，直辖的政区在洪武年间发生多大的变动，嘉靖二十一年（1542年）后，南京有府十四、直隶州四、属州十七、县九十七。

（一） 应天府

丙申年三月，改元江浙行省集庆路为应天府，当年七月以应天府为江南行中书省省治。洪武元年八月，明朝在应天府建都，称南京。府治在今江苏南京市。

（二） 凤阳府

吴元年（1367），在元安丰路濠州的基础上设立，洪武六年九月改府名为中立府，七年八月又改为凤阳府。初治今安徽凤阳县东北临淮关，洪武八年十月迁于今凤阳县府城镇。

（三）淮安府

丙午年四月，朱元璋攻克淮安，改元河南江北行省淮安路为淮安府，府治在今江苏淮安市。

（四）扬州府

1357年，朱元璋将元扬州路改为淮海府，1361年十二月改为维扬府，丙午年正月又改为扬州府。府治在今江苏扬州市。

（五）苏州府

吴元年九月改元江浙行省平江路为苏州府，隶江南行省，后隶南京。府治在今江苏苏州市。

（六）松江府

元代松江府，明吴元年仍设府，府隶属江南行省，后隶南京。府治在今上海市松江区。

（七）常州府

太祖丁酉年三月改元常州路名为长春府，同月已丑又改为常州府，府治在今江苏常州市。

（八）镇江府

元镇江路，丙申年三月已亥改为江淮府，十二月丙午又改为镇江府。府治在今江苏镇江市。

（九）庐州府

1364年，改元河南江北行省庐州路为庐州府，府治在今安徽合肥市。

（十）安庆府

元末安庆路，辛丑年八月改路为宁江府，壬寅年四月癸未改为安庆府。府治在今安徽安庆市。

（十一）太平府

元末江浙行省太平路，乙未年1355年六月改为太平府，府治在今安徽当涂县。

（十二）池州府

元末浙江行省池州路，辛丑年八月改为九华府，寻改为池州府。府治在今安徽池州市。

（十三）宁国府

元江浙行省宁国路，丁酉年四月改为宁国府，辛丑年四月改为宣城府，丙午年正月改为宣州府，吴元年四月仍为宁国府。府治在今安徽省宣城市。

（十四）徽州府

元末江浙行省徽州路，丁酉年七月改名兴安府，吴元年又改为徽州府。府治在今安徽歙县。

直隶州：

徐州直隶州

元为归德府属州。洪武十四年十一月直隶京师，州治在今江苏徐州市。

滁州直隶州

元末扬州路属州。明初属扬州府，洪武二十二年二月直隶京师。州与清流县治在今安徽滁州市。

和州直隶州

元末泸州路属州。明初隶庐州府，洪武十三年十一月直隶京师。州与历阳县治在今安徽和县。

广德直隶州。

元末江浙行省广德路，丙申年六月改为广兴府，洪武四年十月，降为广德直隶州。广兴府、广德州、广德县治均在近安徽广德县。

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