车站分为地下两层、地上两层、局部三层。地下二层为地铁昌平南延线及19号支线站台层及设备层；地下一层为城市通廊、高铁与地铁换乘空间、地下车库；首层为高铁进站厅；站台层为地铁13号线站台；二层为高架候车大厅；局部三层为商业服务场所。

在二楼候车大厅，地下还铺设了从1909到2020的百年京张年代图示，以及代表老京张铁路的苏州码、人字坡等符号图示，代表京张铁路精神的传承和后人向以詹天佑为代表的中国第一代铁路人致敬。

清河站候车厅内“军人候车区”、“儿童活动区”、“商旅休闲区”、“综合服务区”四大分区均已布置完成。温馨的拼色沙发，颇有趣味的儿童玩具，勃勃生机的绿植，处处彰显出清河站的大气风范。