接下来是制曲阶段。将蒸煮后的大豆与小麦粉、麸皮等辅料混合均匀，制成曲料。然后，在适宜的温度和湿度条件下，接种曲霉菌等微生物进行培养。这些微生物在生长过程中会产生各种酶类，如蛋白酶、淀粉酶等，它们能够分解大豆中的蛋白质和淀粉，转化为氨基酸、糖类等小分子物质，为酱油的风味形成提供物质基础。

### 发酵与成熟
制好的曲料被送入发酵池中，加入适量的盐水进行发酵。发酵是酱油制作过程中最为关键的一环，它决定了酱油的最终风味和品质。在发酵过程中，微生物继续发挥作用，将曲料中的氨基酸、糖类等物质进一步转化为具有特殊香味的化合物，如醛类、酯类等。同时，发酵过程中还会产生丰富的色素物质，使酱油呈现出独特的红褐色泽。

发酵时间的长短因工艺而异。传统的高盐稀态发酵工艺往往需要数月甚至一年的时间，才能酿造出品质上乘的酱油。而现代工业化生产则采用更为高效的发酵方式，大大缩短了生产周期。但无论采用何种工艺，发酵过程都是酱油风味形成的关键所在。

### 过滤、熬制与灭菌
发酵完成后，需要对发酵液进行过滤处理，以去除其中的固体杂质和微生物。过滤后的液体即为生抽酱油。为了增加酱油的浓度和风味，还需对生抽进行熬制。熬制过程中，水分逐渐蒸发，酱油的浓度和风味物质得以浓缩和提升。