北京，古称蓟、幽州、燕京、北平，地处华北平原北部，地势西北高、东南低，西部、北部和东北部三面环山，地理位置优越。比较巧合的是，同南京一样，北京也称为六朝古都，燕、辽、金、元、明、清均建都于此。明朝初期最大威胁还是北方的游牧势力，北京交通便利又易守难攻，是极佳的定都之地，朱棣迁都北京是正确的。至于后代无能，让辽东建州女真趁乱崛起，威胁都城安全那是后话了。

明仁宗朱高炽不太喜欢北京，曾决定把都城迁回南京，下诏北京各衙门全部复称行在，南京再次为都。结果还没来得及，就驾崩了。明宣宗朱瞻即位后，留在北京对付北元，当时名义上的都城还是南京。明英宗即位后才复升北京为国都，废除南京有名无实的国都地位。南京作为留都及祖宗灵寝所在，依然是江南的中心，而且南京的经济发达，钱粮充足，北京所需的钱粮器物也要靠江南供应，而江南的钱粮正是通过南京来控制的。

南京位于长江下游，和京杭大运河经过的扬州、镇江相邻，由于这种独特的地理位置优势，南京成为江南钱粮物资北上的物资集散地和中转站。四川、湖广、江西等地的物资会先顺江东下到南京，然后再走运河进北京，因此南京虽然只是留都，手工业、商业蓬勃发展，非常繁华。

万历年间，葡萄牙人奥伐罗-塞默多写过一本书《大中国志》，说南京是明朝最大、最好的城市。南京当时的地位有些类似于如今的上海，是全国的经济中心。