第301—302集,柯南得知克莉丝•温雅德曾经出现在母亲的葬礼,说出了神秘的女人更有魅力的名言。
第306—310集,纽约篇;女明星莎郎•温雅德登场,克莉丝•温雅德是她女儿;一年前工藤解决案件后,小兰偶遇赤井秀一得知他是FBI,并救下贝尔摩德易容的公路恶魔;从此贝尔摩德被感化,称呼小兰“angel”。
第311—312集,沼渊己一郎被判死刑,柯南得知他是组织的成员。
第326—329集,松田阵平首次登场,最后牺牲。
第332—336集,接触篇;第二次掌握组织线索,龙舌兰在威胁游戏工程师板仓卓开发软体。柯南取走板仓卓的日记光盘,在小兰口中得知赤井秀一是FBI。最后,伏特加指纹差点被柯南录取,幸亏有琴酒出现。
第354—355集,阿笠博士回忆灰原哀父亲,宫野厚司。曾出现在新科技发布会,被称为疯狂的科学家。母亲爱莲娜是英国人,宫野厚司留学时相识。
第360—370集,为满月对决做准备;灰原哀重病不起,贝尔摩德以新出医生身份看病,窃听得知雪莉变小的事情;柯南找到明美在厚司朋友公司爱莲娜留给灰原哀的录音带;赤井秀一得知灰原哀是宫野志保,FBI开始暗中保护灰原哀;小兰怀疑朱蒂老师是坏人。
第371—375集,满月篇;贝尔摩德开始追*雪莉,莎郎和克莉丝以及新出三重身份暴露,曾在二十年前*死朱蒂父亲,在码头与朱蒂 赤井秀一枪战,小兰救下灰原哀;最后贝尔摩德没有上报柯南和灰原哀的事,因为小兰是她救命恩人,组织boss邮件按键声被柯南录下;赤井秀一和朱蒂身份都揭晓;组织成员卡尔瓦多斯自*。(主线剧情的高潮,满月对决)
第386—387集,怪盗基德的空中漫步。
剧场版3世纪末的魔术师,怪盗基德得知柯南身份。
第392—393集,真正的新出医生回归。
第419―421集,柯南得知组织boss邮件按键声是日本童谣《七个孩子》。
第428—430集,柯南准备查找boss邮件地址被灰原哀阻止,声称是“潘多拉的魔盒”。
第455―456集,阿笠博士的初恋故事。
第459—463集,冲击篇;FBI和柯南阻止琴酒领导的暗*活动;基安蒂 科恩 水无怜奈登场;柯南得知詹姆斯也是FBI;赤井秀一与琴酒对狙,水无怜奈车祸被FBI运往杯户医院。(为红黑对决做准备)
第467—468集,本堂瑛佑登场。
第497―498集,京极真大战黑道组织泥惨会。
第502—505集,贝尔摩德出动调查水无怜奈下落,本堂瑛佑引起柯南怀疑。
第509―510集,怪盗基德盗窃四幅名画。
第512―513集,黑羽盗一和幼年快斗登场,柯南得知KID名称来源于工藤优作。
第519—522集,服部平次和柯南互通情报,白马探登场。
第527—528集,本堂瑛佑父亲是CIA的事情揭晓。
第538—550集,红黑篇;安德烈卡迈尔登场;琴酒用计将水无怜奈夺回组织,成员楠田陆道自*;詹姆斯告诉柯南,赤井秀一曾前往组织当卧底化名诸星大,代号黑麦,与宫野明美谈恋爱深入组织。两年前准备计划逮捕琴酒,却不小心暴露身份,返回美国后宫野明美就遭到了*害;柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫;最后,赤井秀一假死,让水无怜奈获得信任成为FBI情报员,使用楠田陆道尸体逃脱。除詹姆斯外都以为赤井秀一真死;水无怜奈发来短信,组织推理能力高超的波本已经开始行动。(主线剧情的大高潮,红与黑的碰撞)
第554—555集,本堂瑛佑得知柯南身份,并前往美国准备加入CIA。