可是混沌随之而来，风之混沌提亚马特先是使风之水晶失去了光芒，让世间的风不再流动，鲁飞因人失去了重要的力量来源，在对抗提亚马特的战争中节节败退，最终整个文明几乎被毁灭殆尽。随后百年间，水之混沌克拉肯觉醒，他击沉了海洋文明的中心水之神殿，导致水之水晶也失去了光芒，海洋文明随之覆灭。陆续觉醒的火、土之混沌，也相继使得剩下的两大水晶光芒黯淡，从此土地开始腐败，海水停止流动，世间不再有微风吹拂，火焰开始肆虐，世界陷入黑暗。

展示的画面为《最终幻想像素复刻版》

但据预言所说，当世界被黑暗笼罩时，会有四位光之战士现身于世，于是乎，由玩家自定义职业和名字的四名光之战士就此展开了一场拯救世界的冒险。

光之战士们的第一个目的地便是遥远的北方大陆，在途经科利尼亚时，主角团们偶然间听到科利尼亚国王正在寻找光之战士，于是前去觐见，随后他们从国王那里得知，前往北方大陆的桥梁已经损坏，他们若能救出被邪恶骑士哈兰德掳走的莎拉公主，那么作为答谢，国王愿意耗费人力财力帮助修好桥梁，为主角团们扫除障碍。

哈兰德乃“骑士之中的骑士”，是科利尼亚中剑术最为精湛之人，掳走公主是为了要挟国王让出王位，在此之前，国王已经派出无数精英骑士前去讨伐，却无一幸免，全被哈兰德所击败。但面对“正义的四打一”，哈兰德最终还是在四位光之战士的围攻下败下阵来，他篡夺王位的阴谋也就此破灭，光之战士们继续踏上旅途。

当光之战士来到精灵城中时，发现此处的精灵们正处于惶恐不安中，精灵王子因受到了黑暗精灵阿斯托斯的诅咒，本该继承王位的他沉睡了足足五年。毫无头绪的主角团们只好在周边展开调查，当来到西城时，一位孤独的国王向主角说明了阿斯托斯的另一项罪行：阿斯托斯的蛊惑致使西城衰落，从此荒芜人烟。西城国王拜托光之战士找寻一顶王冠，他希望依靠王冠的力量让西城重现昔日荣光。