故事发生在二十一世纪末的日本。魔法，这不是一个传说，而是现代科学的一项技术。它被应用至今已经过了一个世纪。曾经被称为「超能力」的先天具有的能力被以魔法这个名字的体系替代，高超的的魔法师被认为是国家的实力。西历 2095 年的春天，新生入学的季节。国立魔法大学附属第一高中通称魔法科高中，是由成绩优秀的一科生，和作为一科生替补的二科生所构成，他们也各自被冠上了花冠（bloom），以及杂草（weed）之名。就在这样的魔法科高中里，一对兄妹入学了。兄长是，拥有着缺陷的劣等生。妹妹是，完美无缺的的优等生。无论什么事都抱着乐观态度的劣等生兄长，和对他抱着作为血亲以上感情的优等生妹妹。随着这两人进入这间精英学校的大门，这平稳的学院，也开始了*乱的日常。魔法科高校的劣等生剧场版改编自佐岛勤原作小说。

在冬春之交的时候，司波达也和深雪的高中第一年生活即将结束(日本春季为毕业和开学季)。