福特汽车的董事会决定买下法拉利，当时的法拉利并不像现在一样，只是意大利的一间小厂，所以经过双方交涉，最终同意福特汽车以1800万美元的价格收购法拉利，但收购协议中的附加条款惹恼了当时的法拉利老板EnzoFerrari（恩佐·法拉利），并因此拒绝了整个收购计划，附加条款写到法拉利的赛车部门必须使用福特提供的发动机进行比赛，并要求法拉利退出Indianapolis 500-Mile Race（印地500系列赛），到此收购计划宣告失败。

经过长时间的交涉眼看就成功了，法拉利方面的拒绝惹恼了时任福特汽车总裁的HenryFord Ⅱ（亨利·福特二世），他于是决定要自己制造出“冠军赛车”。

全新赛车的生产计划开始了，GT40开发计划在英国人JohnWyer（约翰怀尔）的管理下开始实施，他曾经是阿斯顿马丁赛车团队的老板。而1962款野马概念车的设计师RoyLunn（罗伊·伦恩）被选中领导设计团队。

最初两辆福特GT40原型车在1964年英格兰斯洛完成，底盘代号为GT/101和GT/102。这些GT40的原型车使用了福特当时主打的铝制4.2升发动机最大输出为350马力，但是在之后的测试中发现了严重的问题，福特GT40的尾部在高速行驶中无法提供足够的下压力，所以在时速超过150英里时很容易失控。虽然在后期通过一些空气动力学的应用解决了这个问题，但代号GT/101和GT/102的两辆车都已经损毁严重。