戴斯蒙等人掘出纹章后终能进入密室最深处，朱诺也现身指示戴斯蒙启动其所指之台座以拯救地球免被耀斑摧毁，但此时“第一文明”成员弥涅耳瓦（Minerva）现身警告触及台座不但会夺去戴斯蒙性命，且会释放朱诺让她征服世界：当年“第一文明”与人类发生战争时朱诺因企图把本用于拯救世界的机械满足一己私心而被囚禁。朱诺解释如果耀斑摧毁地球，戴斯蒙及少数幸存者会在残存之世界中成为宗教象征，但其理念将被错误诠释而导致人类重回愚昧。戴斯蒙最终选择朱诺所示之世界，并在启动台座后死去，地球逃过被毁灭的命运同时朱诺也被释放，向倒地的戴斯蒙道谢后表示将会“扮演自己的角色”。

1783年美国独立战争结束，康纳发现其村落所属土地被出售作为战争赔偿；英军其后完全撤离美国，但康纳在民众为其国家取得独立和自由欢呼之际看见码头一方有贩子正在出售奴隶。

第四代————爱德华·肯威

承接前作《刺客信条III》，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯（Desmond Miles）为保护地球免受闪焰摧毁而牺牲，其尸体被跨国制药公局Abstergo（现代圣殿骑士团）抽取基因样本上载至云，使与之没有血缘关系的人也能透过基因记忆追溯机器“Animus”追溯其祖先之记忆。作为一名Abstergo 旗下部门Abstergo Entertainment 之新进员工，部门主管希望玩家能进入活跃于海盗黄金时代之刺客爱德华·肯威（Edward Kenway）的记忆，为新互动电影作资料搜集（真正目的是寻找人类以前“第一文明”（First Civilization）之机器“观测台”（The Observatory）的所在地）。

1715年，爱德华*死了一名准备投诚圣殿骑士团之刺客，其身上信件指示前往哈瓦那与总督劳雷亚诺·托勒斯（Laureano de Torres）及其秘密组织（圣殿骑士团）会面，爱德华为信上所言的报酬心动而冒充该刺客前往与众人会面，得悉圣殿骑士欲联同英国、西班牙和法国以打击加勒比海海盗之名寻找一名能协助它们掌握“观测台”位置之圣人巴沙洛缪·罗伯茨（Bartholomew Roberts）。爱德华不但使当地刺客组织陷入劣势，其后亦因身份败露而被带走囚于船上。爱德华逃离监禁后释放多名海盗及夺得一艘西班牙双桅横帆船，随后将之命名为“寒鸦号”（Jackdaw）。

1718年爱德华与一群海盗同伴（包括“黑胡子”爱德华·蒂奇（Edward Thatch）、玛莉·瑞德（Mary Read）等人）为了能活在一个不受英国控制的自由地区而聚集于拿*，但缺乏管理和经济活动、疫病出现再加上其后英军进驻拿*向海盗进行劝降使各人之间出现分歧，爱德华虽然成功偷取疫苗但未能阻止英军于通牒限期前发动围剿，黑胡子在与爱德华抢夺一艘海军主力舰时被*，爱德华乘乱返回寒鸦号逃离拿*水域并以大伊纳瓜岛作为基地。

由于认为夺得“观测台”可以获得数之不尽的财富，爱德华致力追查罗伯茨的下落，期间发现玛莉乃一名刺客并被邀前往图卢姆与刺客组织会面。由于爱德华以往对圣殿骑士的协助，组织不久受英军（圣殿骑士）袭击，爱德华受玛莉所托为组织完成刺*合约以换取报酬，其后也逐一刺*叛变至圣殿骑士的海盗和曾会面的骑士成员。爱德华其后终在非洲普林西比岛寻获罗伯茨，并经由罗伯茨的带领下，在之后于长湾找到进入封存“观测台”之第一文明密室“观测所”的入口 －“观测台”之第一文明密室：只要有监视目标的血液样本，“观测台”就能把其目视之一切以立体影像呈现。罗伯茨此时背叛爱德华并乘他伤重时把他交予英军以获取悬赏。

1720年4月，爱德华与各海盗（包括玛莉、安妮）被审判下狱等待处决，众人在刺客组织协助下逃狱但玛莉因病重而在途中不支去世。其死亡使爱德华决心加入刺客组织，随后击*罗伯茨并在“观测台”密室内刺*托勒斯。为免圣殿骑士获悉“观测所”位置，刺客组织表示密室将在下任圣人出现前被封印，同时爱德华接获来自英国的信件：其分居妻子已去世，其女儿珍妮佛·史考特（Jennifer Scott）被安排前往与他会面。

在玩家录取记忆资料时，Abstergo Entertainment 信息科技经理约翰（John）暗中表示Abstergo 对自己有所隐瞒，三度给予玩家保安许可以入侵公司电脑和监视系统（所得资料被安排交予现代刺客肖恩‧海斯汀（Shuan Hastings）和丽贝卡‧克琳（Rebecca Crane）），最后指示玩家入侵Animus核心部分，完成后第一文明成员朱诺（Juno）以立体影像现身表示由于中央密室被提早解封以拯救地球，她不能影响世界亦未能占据玩家身心：约翰乃罗伯茨之转世并欲使朱诺复活，计划失败后打算*死玩家但及时被保安兵阻止和枪*。

在把大伊纳瓜岛基地交予刺客组织后，爱德华与女儿乘坐寒鸦号返回伦敦定居并脱离海盗生涯。多年后，爱德华已再婚并育有一子海尔森·肯威（Haytham Kenway）。

第五代————亚诺·多里安

紧接前作《刺客信条IV：黑旗》 ，跨国制药公司Abstergo（现代圣殿骑士团）旗下部门Abstergo Entertainment 开发了名为“Helix”之云软件，让使用者能不需要借助基因记忆追溯机器“Animus”而能直接进入前人之记忆。

作为一名Helix 使用者之一的玩家进入圣殿骑士团最后一任大团长兼“圣者”（Sage）雅克·德·莫莱（Jaques de Molay）的一段记忆。1307年，刺客组织袭击圣殿骑士团位于法国圣殿塔的总部，莫莱托部下到地下密室藏好其管有之人类以前“第一文明”（First Civilization）遗物“伊甸之剑”（Sword of Eden）和一部法典后被捕和处死。此时现代刺客组织接触玩家，表示Abstergo 欲*第一文明基因组从而实行一项目的不明的“凤凰计划”（Phoenix Project），因此侵占了玩家神经细胞搜索基因记忆资料，寻找古今拥有大量第一文明成员基因的圣者。为阻止Abstergo ，现代刺客希望玩家能加入组织并抢先进入活跃于18世纪末法国大革命时期、曾接触一名圣者之刺客亚诺·维克特·多里安（Arno Victor Dorian）的记忆。