一方面，他在解释数是如何形成万事万物时，仍然会受自然哲学的影响，将数具象化，与形相互联系。他认为数是万物的本原，而1则是数的本原，这一点与老子的“一生二，二生三，三生万物”的观点很相近。

老子

并且作为本原的1以及由1构成的2、3、4等数都具有空间意义：1就是一个点，2就是两个点连成的一条直线，3则为三个点构成的一个面，4则是四个点构成的一个体，之后体再按照不同的排列方式构成水、火、土、气这四种最基本的自然物质，最终水、火、土、气再构成万事万物。

从这个角度来说，毕达哥拉斯其实是把作为万事万物本原的数理解为具有几何形状的东西，即点、线、面、体，或者是物理学意义上的数，也就是具有广延性（占有空间位置）的物质微粒。毕达哥拉斯这种“数本原说”与后来德谟克利特提出的“原子论”观点也有许多契合之处。

德谟克利特

另一方面，毕达哥拉斯又将数神秘化，将其说成是在事物背后起决定性作用、决定着事物性质的某种抽象物。

这样一来，数就成了万事万物背后的比例关系和抽象原则，就像希腊悲剧中在英雄背后起决定作用的命运那样的隐藏规则。

比如，毕达哥拉斯将1当成是真理，因为1是最基本的数；将2当成是意见，因为它摇摆不定；将4和9当成正义，因为4和9分别为第一个偶数2和第一个奇数3的平方（以毕达哥拉斯那里，1是作为本原的基本数，既不是奇数也不是偶数）；

将5当成是婚姻，因为它是第一个偶数2和第一个奇数3的和；将10当成是圆满，因为它是1、2、3、4之和。这样一种带有隐喻或象征特点的哲学观点当然有一定的抽象意味，它表明了数量关系与事物性质之间的联系，同时也带有一种明显的、像巫术一样的神秘色彩。由此可以看出，在最初的抽象思维中，哲学与宗教是不分彼此地混合在一起的。

“形而上学”来自希腊语，其写法为metaphysics。这是个复合词，其中“meta”指“在……之后”，现在是很多英语单词的前缀；“physics”的含义是“物理学”。古希腊时期，物理学的含义是非常广泛的，几乎所有自然科学都被称为物理学。