其二就是没有参加李世民最重要的玄武门之变之中，李世民也通过这场政变夺嫡成功，之后逼李渊退位当上皇帝，这次政变之中长孙无忌和尉迟敬德和被李世民定为头等功劳，每人赏赐了一万匹绢，齐王府的府第及其中钱财器物，当然表现最出彩的应该还是尉迟恭，在危难之时诛*李建成，然而拿着李建成和李元吉的头颅吓退了前来救驾的太子府和齐王府的卫队，接着又身着重铠、手持兵刃以保护李渊为名，从李渊手里拿来了兵符印信，剿灭了太子和齐王的余党。

程咬金亦参与其中，做了主要的打手，但是在决定李世民未来的命运之中秦叔宝没有参与其中，因此在凌烟阁二十四功臣，秦叔宝排到最后一位，是不如尉迟恭和程咬金的。

历史记载之中秦琼早年在隋将来护儿帐下任职。秦琼母亲去世时，来护儿派人前去吊唁。军士们对此感到奇怪，就问来护儿说：“士兵死亡和家中有丧事的很多，将军为何只吊唁秦叔宝的家人呢？”来护儿回答道：“此人骁勇彪悍，又有志向气节，将来必能自己取得富贵，怎能当做卑微之人对待呢？一代名相魏徵曾评价秦叔宝说，“秦琼是国之栋梁，是社稷之臣。是良臣而不是所谓的忠臣，他是忠于国家，忠于社稷，而不是忠于个人。”

程咬金大儿子程怀默袭卢国公爵，二子程怀亮，以功臣之子娶太宗女清河公主，授驸马都尉、左卫中郎将；三子程怀弼，官至右金吾将军；五子程处政朔州司马。尉迟恭儿子尉迟宝琳袭爵鄂国公，官至银青光禄大夫、上柱国、卫尉少卿，尉迟环，邛州刺史。