在第二次冲击之后，为了执行人类补完计划，NREV各支部开始进行E计划：目的是制造至少12台EVA来对莉莉丝进行处刑。EVA是使徒的复制体，初号机为莉莉丝的复制，二号机以后的机体为亚当的复制。计划实施过程中发生了不少意外，有的机体也没怎么登场，以下是详细说明：

作为原型的第一台机体，驾驶者为绫波丽。试验阶段为黄色涂装，11集之后改为蓝色。碇司令说过“这是南极巨人的复制品”，可以推测初号机的原型同样也是亚当。

在23集与十六使徒的对战中，选择了自爆与使徒同归于尽。这段为碇真嗣牺牲的情节，也象征着2号绫波丽自我意识的诞生。

莉莉丝的复制体，驾驶者是碇真嗣。在最初的实验阶段，吸收了碇唯的灵魂，所以与碇真嗣有很高的同步率。多次为保护碇真嗣暴走。与力天使对战中，吞噬了对方，获得了S2机关。

在剧场版真心为你中，被作为莉莉丝的替代品遭受了处刑。莉莉丝引发第三次冲击后，飘向了宇宙，变为永恒的存在。