所谓的新农合全称为新型农村合作医疗，根据国发（2016）3号文件，即《国务院关于整合城乡居民基本医疗保险制度的意见》，已将过去农村的新型农村合作医疗、城镇居民基本医疗保险整合为统一的城乡居民基本医疗保险，但在农村地区，很多朋友还是喜欢把城乡居民基本医疗保险称为新农合。

过去的新农合是按照家庭缴费的方式，也就是说在每年缴费时，是以家庭户口薄作为缴费依据，按照户口薄的家庭成员数来缴纳新农合的费用，缴纳新农合以后，家庭成员生病住院，可以按照新农合的规定享受住院费用的报销待遇。但由于新农合的统筹层次比较低，一般都是按照县级行政单位作为统筹区，各个地区参保水平参差不齐，报销比例比较低。

经过两到三年的整合，新农合与城镇居民医疗保险整合为城乡居民医疗保险的目标基本实现，由新农合过渡到城乡居民基本医疗保险，从县级统筹升级到地市级行政单位统筹，住院费用的平均报销比例由过去的50%提高到75%左右。这个报销比例的提升，并不是每一个人的报销比例都能达到75%，而是指的平均水平，包括从乡镇医院到三级医院的综合平均报销标准。

过去的新农合是按照家庭缴费，所以家中是两个女儿的家庭，按照当时的规定也是要缴纳新农合的。由于我国长期实行计划生育的政策，在2016年1月1日之前，国家提倡一对夫妇只生育一个孩子，不管这个孩子是男孩还是女孩都是同等对待的。

在农村地区，各地在实际操作过程中，对生育政策采取比较灵活的方式，对于第一胎生育女孩的，经过批准可以生育第二个孩子，如果第二个孩子仍然是女孩的，不管在什么情形下，都不能再生育第三个孩子，否则就会采取绝育措施，或是征收社会抚养费。但对于双女户家庭，当时很多地方是免于处罚，不征收社会抚养费的。

对于农村的双女户家庭，是在当时的时空环境下，符合农村实际情况的一种特殊生育政策，有的地方后来对于双女户家庭还有一定的补贴，在这些补贴政策中主要是关于承包责任地的划分，宅基地的使用等方面的。对于家庭困难的双女户家庭，经过当地村委会审核申报，乡镇和民政部审核同意，可以由相关部门代缴部分或是全部新农合费用。

在新农合制度整合为城乡居民基本养老保险制度以后，医疗保险不再以家庭为单位缴费，而是以个人按照年度缴费的方式。首次缴纳城乡居民医疗保险的人员，包括生育两个女儿的家庭，并没有因为是生育两个女儿就可以免交医疗保险的规定。

城乡居民医疗保险的集中缴费时间和过去的新农合是相同的，都是每年的9月1日到12月25日，不管是家里两个女儿还是两个儿子，都要按照规定集中缴费的时间按时办理缴费登记账户，由个人到银行或是税务部指定的银行缴费。

对于生育两个女儿的困难家庭，比如农村的低保户家庭，残疾人家庭，建档贫困户家庭等，按照各地的规定，可以由相关的部门代缴部分或是全部的医疗保险费用。不管哪种情形都不是不缴，而是由相关部门代缴。生育两个女儿的家庭如果符合代缴条件的，可以按照相关流程，向户籍所在地村委会提出申请，逐级审批以后按照相关规定执行。

综上所述，农村生育两个女儿的家庭，仍然需要按照各地城乡居民医疗保险制度的规定，按时缴纳基本医疗保险费，才能在生病住院时享受医疗保险的待遇。对于特别困难生育两个女儿的家庭无法缴纳医疗保险的，可向当地政府部门申请部分代缴或是全部代缴。