与此同时，杜宝已升任淮扬安抚使，临行将女儿葬在后花园梅树下，并修成“梅花庵观”一座，嘱一老道姑看守。而杜丽娘死后，游魂来到地府，判官问明她至死情由，查明婚姻簿上，有她和新科状元柳梦梅结亲之事，便准许放她回返人间。

柳梦梅赴京应试，途中感风寒，卧病住进梅花庵中。病愈后他在庵里与杜丽娘的游魂相遇，二人恩恩爱爱，如胶似漆地过起了夫妻生活。不久，此事为老道姑察觉，柳梦梅与她道破私情，和她秘议请人挖开杜丽娘的坟墓，杜丽娘得以重见天日，并且复生如初。

柳梦梅和杜丽娘随即做了真夫妻，一起来到京都，柳梦梅参加了进士考试。考完后柳梦梅来到淮扬，找到杜府时被杜巡抚盘问审讯。柳梦梅自称是杜家女婿，杜巡抚怒不可遏，认为这儒生简直在说梦话，因他女儿三年前就死了，如何现在能复生，且又听说女儿杜丽娘的墓被这儒生发掘，因而判了他斩刑。

在审讯之时，朝廷派人伴着柳梦梅的家属找到杜府上，报知柳梦梅中了状元了，柳梦梅这才得以脱身。但杜宝还是不信女儿会复活，并且怀疑这状元郎也是妖精，便写了奏本让皇上公断，皇帝传杜丽娘到公堂对证，验明正身后，果然是真人身。

于是，皇帝下旨让父子、夫妻在公堂相认，并当堂赐婚，这段以皇帝为证婚人的婚姻终于画上了圆满的句号。一段生而复死，死而复生的姻缘故事就这样以大团圆的方式落下了帷幕。

《牡丹亭》写柳梦梅在湖山之下捡到杜丽娘的画像，便如痴如醉，情真意切地爱上了“画中人”。后来，柳梦梅与杜丽娘的鬼魂相爱，当杜丽娘把真相告诉他时，他一开始虽然有些吃惊，但这种吃惊转瞬即逝。

更重要的是柳梦梅信守承诺，不顾一切，挖开杜丽娘的坟墓，让她起死回生，重见天日，终于与柳梦梅永结同心的故事。汤显祖用超越生死的梦境刻画出“死死生生为情多”的杜丽娘这一“至情”的女性形象。

从剧本来看，《牡丹亭》的时间设定在南宋，故事情节发展的依据主要还是空间转移，整出戏的时间跨度长达三年，在地点的切换过程中出现多个场景，甚至有一些情节直接用和地点有关的词来命名。

从柳梦梅的故事线来看，他从广州老家出发行至潮阳县拜访韩子才，后来得到资助前往临安考取功名，期间暂住在南安府的梅花观，在梅花观复活杜丽娘后，双双前往临安并高中状元，随后又在杜丽娘的请求下前往淮扬。由此不难看出，整个故事在地点与空间的转移下发展，并且在故事的发展和情节的推进中展现了宏大的地域空间与叙事场景。

除了地域转换，《牡丹亭》中第二个空间转换的维度为虚实场景的切换，也可以统称为真实空间与虚拟空间的切换。在《牡丹亭》中，在某些故事情节的时间段中，除了现实空间还对应着一个虚拟空间。

《牡丹亭》中的虚拟空间，既不是现实的生活，也不是现实里存在的，比如杜丽娘在府中园子里小憩和柳梦梅相遇的梦境，以及杜丽娘死后前往的阎罗殿。在剧作中，杜丽娘一人便经历了现实、梦境、冥府三种不同的虚实情境。