生物分类学（英语：biotaxonomy）通常直接称分类学（英语：taxonomy；法语：taxonomie；西班牙语：taxonomía），是关于生物个体的鉴定（identification）、归类（classification）和命名（nomenclature）的原理和方法的学科；此三要件间有相互依存的关系。生物分类学范围包括：研究生物类群间的异同程度，阐明生物间的亲缘关系、演化过程和发展规律。

要将生物分类，首先要知道生物与非生物的定义，但是我们似乎没有办法准确定义，以病毒来说，虽然可在其他生物体内寄生并复制，但在生物体外却没有一般生物的特征如制造或摄取营养，生殖等现象。又如引起疯牛病的朊粒（prion）可以造成感染却无DNA成分，一直以来，DNA被视为生命遗传物质，经由与RNA的转录转译过程，形成蛋白质，再进一步形成组成细胞的各个部分，如细胞膜、胞器等，而细胞则是我们长久以来所认为组成生命体的最小单位。

关于如何为生物命名的原则有很多国际协议，例如《国际植物命名法规》（International Code of Botanical Nomenclature，简称ICBN）、《国际动物命名法规》（International Code of Zoological Nomenclature，简称ICZN）以及《国际细菌命名法规》（International Code of Nomenclature of Bacteria，简称ICNB）。第四版的生物命名法规（BioCode）草案在2000年出版，它试图在5个领域标准化命名，但现在还没有被正式采纳。《国际病毒命名和分类法规》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，简称ICVCN）是属于生物命名法规的。

传统上，生物分为五界(kingdom)，

• 原核生物界(bacteria) -- 原生生物界(protista) -- 真菌界(fungus) -- 植物界(plant) -- 动物界(animal)

Copeland提出过四界说：

• 原核生物界 -- 原生生物界 -- 植物界 -- 动物界

也有人使用三域系统说。这种分类方法是依据细胞是否有核以及细胞膜和细胞壁的差异。

• 古菌域(archaea) -- 细菌域(bacteria) -- 真核域(eukaryota)

另有一些不属于上述所有分类的介于生物和非生物之间的生命形式，即只能寄生于细胞内的病毒，而它们在细胞外并不表现出活跃的生命形式。

• 病毒 -- 类病毒 -- 朊粒