《倾世皇妃》是一部充满宫廷斗争和爱情的古装剧。故事发生在五代十国时期，一个战乱连绵、*戮成风的乱世。女主角马馥雅（林心如饰）是楚国公主，她是一个悬壶济世、妙手仁心的医者，因为她的仁德之心而引起北汉皇帝连城的关注。

在一次大殿上的凤舞九天表演中，馥雅引起了连城的赞赏，并要求与她结婚。然而，在这个瞬间，皇叔马义芳密谋造反，刺*了父皇，导致国破家亡。馥雅立誓要复国报仇，但她作为一个没有武力的女子，要如何实现这个目标？

在无助之际，馥雅决定寻求曾经的未婚夫连城的帮助。她前往北汉，却遭到堂姐马湘云的迫害。湘云妒忌馥雅的一切，企图毁灭她所有的东西。最终，馥雅被推入万丈深渊，掉入江水中。

然而，馥雅侥幸生还，并被蜀国皇子孟祈佑（严屹宽饰）救下。为了帮助祈佑夺取皇位，馥雅化身潘玉，进入宫中打入太子党核心，并成功接近太子祈星。她与祈星成为好朋友，但其他后宫的女人对他们的关系感到不满，纷纷算计馥雅。