区别是:

1、设立的学校不同。

教务主任在中国大多中、小学校里设立，而业务校长必须是六学级以上师范学校，或者九学级以上中学才能设立的职位。

二、职责不同

教务主任主要职责是计划、组织、督导、检查全校各科及各教研组的教学工作。 业务校长主要职责是根据国家课程设置和相关要求编制该校教学计划，分配课程，并招聘学校中层教育教学管理人员（如教研组长、年级主任、备课组长等），确保完成教学任务，提高教学质量。