在古代日本长期有着军人干政的历史，而幕府政治就是日本封建武士通过幕府实行的政治统治，在这一时期幕府的最高权力者也就是征夷大将军（也称为幕府将军）成为了实际上的最高统治者，而名义上的最高统治者天皇则被架空，成为了摆设。历史上日本共经历过三个幕府时代，分别是镰仓幕府、室町幕府和德川幕府共统治日本接近七百年的时间。

镰仓幕府创建者源赖朝

镰仓幕府，是日本幕府政权的开始，创建者是源赖朝，1192年日本旧势力的顽固捍卫者后白河法皇去世，源赖朝受封为征夷大将军，正式开幕，镰仓幕府名副其实的建立起来。源赖朝实行独裁统治，通过以将军为首、御家人为骨*武士政权统治着日本各地，但源赖朝死后，幕府大权逐渐被源氏外戚北条氏控制，后面的几位幕府将军基本上都是傀儡。1221年不满幕府存在的后鸟羽天皇发动了讨幕战争，不久就被打败，战后幕府流放了后鸟羽天皇以及他的四个儿子，并干预天皇的继承，确立了幕府的绝对优势，但到了后期由于农民的反抗和御家人的贫困，社会矛盾日益加深，特别是在两次抗元战争之后中下级武士对幕府也日益不满，1324年后醍醐天皇举兵倒幕，1333年倒幕军攻破镰仓，幕府最后一位执权北条高时自*，镰仓幕府灭亡，期间共出现了九位幕府将军。

室町幕府创建者足利尊氏

室町幕府，又称足利幕府，由足利尊氏创建。足利尊氏一族本是源氏名将源义家的嫡系子孙，但在北条氏执政后备受打压，1333年倒幕时足利尊氏受镰仓幕府之命出征，但随后便倒戈，受后醍醐天皇之命宣布讨幕，并消灭了幕府设在京都的六波罗府占领了京都，镰仓幕府灭亡后后醍醐天皇重掌朝政，足利尊氏虽然被授予高官，但并没有处于政治中枢，权力受到诸多限制，于是足利尊氏与天皇之间的裂痕进一步加深。1335年足利尊氏利用前往东国平乱的机会在镰仓竖起叛旗，次年一月攻入京都，后醍醐天皇出逃，足利尊氏拥立丰仁亲王为天皇，并被封为征夷大将军，开幕府于室町，室町幕府正式建立。

足利义材，室町幕府第十代将军

在行政方面室町幕府由将军总理一切政务，下设管领以辅佐将军，管领之下又设侍所、问注所、政所等机构；在地方上则效仿镰仓幕府在诸国设置守护和地头，主要负责裁判诉讼、处理无主田地、征收税款、催促兵役等。在室町幕府刚建立时，由足利尊氏拥立的光明天皇与出逃的后醍醐天皇南北对峙，是为南北朝时代，1392年南北两朝合一，室町幕府成为了支配全国的统一政权。不过到了第八代将军足利义政任期内先后爆发应仁之乱和细川政元政变，日本各地大名不再听从幕府号令，室町幕府势力不断衰弱，其中应仁之乱的爆发还标志着日本进入了举国混战的战国时代。到了第十三代将军足利义辉时，立志重振幕府声威，多次积极调解诸大名之间的纷争，但遭到各权臣的反对，后来足利义辉被弑，在他死后室町幕府完全丧失了实权，也失去了中兴的机会，1573年第十五代幕府将军足利义昭被织田信长逐出京师，室町幕府时代结束。