案情简介：营改增前，甲公司与乙公司签订工程分包合同，约定甲公司从乙公司处分包水下挖泥工程，同时，合同价不含税。后，乙公司以自己的名义全额缴纳了工程项目营业税，甲公司未将工程收入入账且未申报营业税和企业所得税等相关税费。因甲公司和乙公司产生民事纠纷，双方签订的分包合同被人民法院认定为无效的违法分包合同。

税务稽查局认为：根据法院判决，甲和乙是分包关系，甲和乙应当各自申报应税收入，甲不入账不申报的行为，属于偷税，应追缴营业税、企业所得税等相关被偷逃的税费并加收滞纳金和处以罚款。乙多申报的营业税行为，可予退还。

甲公司认为：其实际是以乙公司的名义对外施工，乙公司最终承担工程相关的全部法律责任，其不是工程项目的纳税人，不应承担纳税责任。

法言税语认为：税务机关一般应当尊重司法判决对法律事实的认定并受其约束，但是，税务机关依照法律的规定征收税款系其法定职责，且在征收税款过程中必然会涉及对相关应税行为性质的识别和判定，当应税行为税收属性、课税要素与司法判决查明的法律事实不能一致时，税务机关应根据实质课税原则进行处理而不受司法判决的绝对约束。就本案而言，甲公司与乙公司签订的合同虽被人民法院认定为违法分包合同，但从合同细节和实际履行看，合同明确不含税，且营业税实际由乙公司名义缴纳，以及，甲公司未将收入入账等行为表明，甲公司与乙公司签订合同的经济目的在于在乙公司的“掩护”下取得账外“纯收入”。基于此，应从税收角度认定，其双方是以“分包”之名，行“挂靠”之实。故此，根据《中华人民共和国营业税暂行条例实施细则》第十一条的规定，认定乙公司为营业税的纳税人，同时，甲公司未将取得的收入入账和申报企业所得税的行为，违反了《中华人民共和国企业所得税法》等相关税收法律的规定，应当根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条第一款之规定，认定为偷税，需依法接受税务处理和处罚。