有很多农民朋友有困惑，因为有很多文章、信息等都说，化肥不能同化肥混用，原因也令人很信服，因为化肥毕竟是化学物质，有较强的腐蚀性，挥发性和吸水性，而菌肥中肥效主要在于菌群的活性，菌群数量的多少，菌群的活动力，菌群的多少等与土壤环境有绝对的关系，如土壤水分，土壤酸碱度，土壤含硫量，土壤盐分的高低等。
化肥是什么？化肥是矿质盐，无论是硫酸型还是氯化型，它们都是矿物质盐类。但此盐非彼盐，并不是我们常说的食盐，它是矿质盐类物质，如硫酸盐，氯化盐，碳酸盐，磷酸盐等。但不管怎样说，土壤盐类物质的增加，必然导致土壤溶液浓度的变化，就会抑制或*伤活菌体，使得细菌性肥料失效。
菌肥中的活性菌数，活动力强弱是决定此菌肥肥效好与孬的重要因素，而硫却具有*菌的作用。当我们把菌肥同含硫复合肥(如硫酸钾等)混合施用时，就会导致活菌被*灭，数量的减少，影响肥效。
如果土壤有机质含量高，或者是同有机肥混用(草木灰除外)，腐殖质可起到隔离和包裹的作用，腐殖质胶体同时还可稀释复合肥的盐分浓度，这样对菌剂的伤害不大。但也要注意，须现混现用，并注意与湿土混合均匀。
但如果土壤有机质含量低，又不同有机肥混用，那你最好是分开施用。先施复合肥，等土壤水分充分溶解复合肥后，最好是过2个小时以上才可以施菌肥。
生物菌肥是一种很特殊的肥料，严格说来，它并不是肥料，它本身并不能提供给作物生长发育所需的营养，它是通过其中的有益微生物的生命活动，固定转化空气中不能利用的分子态氮为化合态氮，解析土壤中不能利用的化合态磷、钾为可利用态的磷和钾，并可解析土壤中多种中、微量元素。因此我们在其包装说明中都会看到，它有解磷解钾的作用。
生物菌肥通过有益微生物在作物根际的大量繁殖，产生大量多糖物质，与植株根系分泌出的黏液及矿物质胶体，有机胶体相结合，形成土壤团粒结构，可增进土壤的保肥，保水能力。质量好的生物菌肥能促进植株生长，改良土壤结构，改善作物的产品质量，还可抑制有害菌的滋生，以菌治菌，提高作物的防病抗病能力，从而实现增产增收。
但生物菌剂中的有益微生物的活力，生命力，繁殖能力等，都得需要有机质来供给，有机质是微生物的粮食，土壤有机质不足，微生物就没活力，甚至会＂饿死＂。因此我们在施用生物菌肥时，一定要注意同有机肥混用。施用生物菌剂一定要注意它的有效期，过期无效。再就是要注意温度和水分，低于5℃和高于45℃最好不施，土壤含水量低不施，否则施用效果差。
对含硫高的土壤，不宜施用生物菌肥，对于翻浆的水田，最好不要撒施，改为喷雾的方法效果会好一些。生物菌肥不是速效肥，早施效果好，同时要注意不宜同*菌剂，*虫剂，除草剂和含硫高的化肥，养分含量高的高浓度复合肥，以及草木灰混用，因为这些东西很容易*灭生物菌。
在生物菌剂的用量上，对于多年施化肥的地块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，否则从土壤中解析出过量的磷和钾，导致土壤肥力的下降。
