天网破坏那处基地其实是为了避免抵抗军发现隐藏在更深处的秘密，一个用人类死囚马库斯·莱特身体改造而来的半机械生化人，T-H型终结者。

马库斯在“审判日”降临之前就被赛博坦公司用作人体实验样本，所以他刚开始并没有意识到自己已经被改造成生化人。

与此同时，抵抗军内部发现天网正在建立一份“死亡名单”，打算将地球上依旧存在的抵抗军重要人物一一铲除，约翰在名单上排列第二，位列第一的目标是凯尔·瑞斯。抵抗军的其他高层并不清楚凯尔的重要性，但约翰知道凯尔其实就是自己的父亲并且最终会回到1984年救下自己的母亲莎拉·康纳。

约翰得知凯尔·瑞斯已经被天网意外抓获，马库斯为了证明自己并不是天网的傀儡，愿意帮助约翰进入天网基地救爹。随后马库斯利用自己的脑机接口关闭了天网的防御系统，让约翰得以进入基地营救凯尔，还意外地发现了基地内的T-800生产线。

在马库斯的帮助下，约翰成功引爆了几枚T-800的核燃料电池，将基地内的T-800全部摧毁，但是约翰在战斗中心脏严重受损，生命垂危。最后马库斯选择牺牲自己，为约翰提供心脏移植，完成了自身的救赎。

2029年，抵抗军在约翰·康纳的领导下拯救了无数被机器迫害的人类，人类终于开始向天网展开最后的攻击，当人类军队终于攻破天网防线，发现了天网所谓的“终极武器”其实就是它们研制的时间机器。意识到天网可能会回到过去将人类的抵抗军成员提前扼*，约翰·康纳决定派遣自己的得力助手凯尔·瑞斯回到1984年拯救自己的母亲。