嵌合体是人类胚胎发育的一种特殊现象，一般情况下该是发育为双胞胎的。在受精卵发育的时候，受精卵先是分裂为数十个细胞的初级卵泡，然后着床，不同胚层的细胞发育为不同的组织器官。然而早期的胚胎却可能发生融合，融合又不是特别完全，一部分被吸收，一部分仍然残留，那就可以导致嵌合体的产生。

在生物界很常见，有的猫毛色一半花一半是黑色两个瞳孔的颜色还不同，这也是嵌合体；偶然有一些渔民捕捉到的龙虾，一半红一半蓝黑色，这也是嵌合体。嵌合体的体细胞虽然来源于两个不同的受精卵个体，但是在融合成为一个个体之后功能却相互补充，并不会有类似于器官移植后的排异现象，是大自然的一个奇迹。

早期胚胎的细胞分裂分化会导致异常的情况，一种是导致连体婴儿，一种是嵌合体。连体婴儿是同卵双胞胎，本应该完全分离的两部分细胞，没有完全分离，还共用部分早期胚胎细胞，上文也说过不同的胚层细胞会发育为不同的个体，未完全分裂的部分就发育为两者共同的生理结构，比如共用腹腔、胸腔（心脏、消化系统等）、脑袋连接等，出生后可以分裂，不过很多时候需要放弃其中一个的生命。

嵌合体是相反的情况，胚胎发育中也有吸收的现象，两个异卵双胞胎早期胚胎离得太近，融合在一起，其中一个发育为部分的器官组织，另一个则发育为大多数的器官组织。这样就可以在一个人的身体中有两套不同的基因，嵌合体可以出现在同卵双胞胎中，这样的基因检测也未必能查出来，也可以出现在异卵双胞胎中，目前形成的机理还有待继续研究，不过确实是一种实际存在的情况。