《瑶山大剿匪》这部电视剧以历史背景为依托，叙述了1950年初新中国成立后，解放军对大瑶山地区的土匪进行剿灭行动的故事。在这场行动中，主要角色是曾经被判死刑的前四野军官洪风（由丁海峰扮演），他作为飞狐小分队的队长，率领着一批各具特长、性格迥异的队员深入敌方核心地带，展开了一系列惊心动魄的斗争。

该剧的一个关键情节是飞狐小分队在深入大瑶山后，偶遇由洪风曾经的爱人邱雨（由温峥嵘扮演）领导的毒刺小分队。邱雨，这位曾与洪风有过深刻感情的女特务，因政治立场的差异与洪风分道扬镳。她领导的毒刺小分队的目标是阻挠飞狐小分队的任务。在激烈的山林对峙中，洪风和邱雨的复杂情感再次被点燃，他们在爱与恨的纠葛中面临重重抉择。