慈禧太后早有忌惮之心，但此前派去出任两江总督的马新贻竟然莫名其妙就被刺*了，这桩“刺马案”与杨白案同列晚清四大奇案之列，早就成了慈禧的心病。
在杨乃武案进入后期时，既有民间舆论推动，也有浙江仕绅倡议，还有媒体实时跟进，不少非“湘军”背景的官员也主动表态，赞同朝廷下令翻案。
这个节骨眼上，翁同稣又授意御史王昕递上了一道关键的疏文。
在这封奏疏中，王昕直接点出了此案的关节之处，认为一旦放任浙江地方官员继续联手欺瞒朝廷，“大臣尚有朋比之势，朝廷不无孤立之忧”，因此应当重惩以儆效尤。
这些话完完全全打中了慈禧的心坎，如李鸿章女婿张佩纶所说“长大吏草菅人命之风，其患犹浅；启疆臣藐视朝廷之渐，其患实深”，他们在意的从来不是平民的人命冤屈，而是自身的权力稳固。
慈禧下定决心后便发了懿旨，完全不去管封疆大吏丁宝桢此前如何咆哮刑部大堂、甚至以“没人敢再当地方官”相威胁。
葛品连的棺材被重新挖出来、沿途加贴各地封条送往北京，最后在京城海会寺开棺验尸。
现场不但坐着密密麻麻的各级官员，还有受邀前来见证的外国记者，而此前被判了死刑的杨乃武与小白菜，也被关在木笼之中、拉到了验尸现场。
棺材被打开，葛品连的头骨呈现黄白色，丝毫没有此前案卷所说的“灰黑中毒”之相。
这一事件发酵得太久、关注太多，甚至连《申报》派来的法国记者也用一口蹩脚的汉语喊了起来：“无毒！无毒！”
绵延三年之久，此案最终落定，始作俑者余杭县令刘锡彤被发配宁古塔“效力赎罪”，终身不准收赎，其子刘子翰此前已投水自*；浙江巡抚杨昌浚、浙江学政胡瑞澜、杭州知府陈鲁等曾接手查案并认为“没问题”的官员被全体革职。
当年负责验尸的仵作被查出来杖责判刑，连原告葛品连之母也没能躲过。
上上下下因此案被革职查办者多达130余名，其中绝大部分是湘军基本盘的官员，这一结果令慈禧多少感到较为满意。
而终于得到昭雪、死里逃生的杨乃武和小白菜，在清廷统治者看来，不过是完全无足轻重的草芥罢了。
《隐权力为杨乃武平反》；百家讲坛；吴钧
《清稗类钞.狱讼类》;清 · 徐珂
《档案揭秘下的杨乃武与小白菜案历史真相》；浙江档案；陆其国
《杨乃武与小白菜 慈禧手中的风化案》；《北京纪实-档案》 20170331
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