正男的邻居是游手好闲的菊次郎（北野武 饰）。为了帮正男完成心愿，菊次郎被妻子要求与正男同行。一老一少就这么结为搭档，踏上了寻母的旅途。

一路上，不着调的菊次郎屡屡惹事生非，但更多时候还是一个尽职尽责的保护者。当正男最后得知母亲早已改嫁、情绪无比低落时，菊次郎拉上三个在旅途中认识的年轻人，想出各种奇特的玩法，试图用游戏让正男从悲伤中走出来。

在影片结尾处，菊次郎与心情平复的正男道别。此时，正男的背包上已经长出了一对天使的翅膀。显然，他是受天使保护和祝福的人，而“天使”正是陪伴他嬉戏、同行的菊次郎和三位路人。

“菊次郎”实际上是北野武父亲的名字，“这部电影是在向我父亲致意。”影片内外的两个“菊次郎”，都是不善表达，感情上非常笨拙的人。片中的菊次郎最终成了守护正男的天使，而影片之外则象征着北野武与记忆中的父亲达成和解。

北野武的父亲是一个平凡的粉刷匠，每天勤勤恳恳工作，下班了就去酒馆喝酒，然后醉醺醺地回来。在北野武的记忆中，他和父亲之间几乎没有像样的交谈。“我老爸是个内向的男人，非常闷，冷漠到近乎粗暴的地步”，像是一个“恐怖的暴君”。

关于父亲唯一一段美好的记忆，是小时候他带自己去江之岛看海。小北野武第一次来到海边，海水冰冷，波浪闪烁，海平面一望无际。这是他真正跟父亲在一起共享的片刻。因此，北野武一直保留着对于大海的印象，“大海”也作为最重要的环境要素，屡屡出现在他的电影里。

《菊次郎的夏天》总共分为十个章节，每个章节都有独立的小标题。在北野武看来，它好比一本相簿，让我们如同翻页一样一路看下去，就像是在追忆自己的童年。

在写作剧本之前，北野武就已经构思了本片几个重要的瞬间，比如菊次郎牵着正男的背影。当他脑海中有了那些画面后，才会去创作情节、编写场景，在画面之间创设关联，而故事几乎只是个借口。“我的电影与其说是一个个想法，不如说是一幅幅画面。 ”

青少年时，北野武曾酷爱西洋绘画。1994年，他遭遇了一场严重的车祸，这也导致了严重的面部后遗症。在漫长的七个月康复期里，他必须找到一件事来打发时间。于是，想要素描、画画的渴望再次虏获了他。那场意外后，他重新开始大量作画。