本部影片中

野原新之助竟然不是广志和美伢亲生的！

还有小新会施展各种稀奇古怪的忍术？

还有自称是广志和美伢亲生孩子的另外一位神秘小孩

究竟是这么一回事呢？

故事开始于一位自称是新之助“真正的母亲”的女人，她突然造访野原家，将一位五岁小男孩带到了广志和美伢面前，“这个孩子是你们俩真正的孩子”。

原来小新出生那天，广志和美伢与医院里的另一对夫妻抱错了孩子，两对夫妻的孩子阴差阳错地交换了。

小新的真正家人居然是个忍者家族。小新随着他“真正的母亲”回到了只有忍者居住的神奇村庄。

加入了屁祖隐一家的小新在森林深处学习忍术。“忍术，分屁屁术！”小新的稀奇古怪的招式，像极了《火影忍者》的鸣人，既有色诱之术的离谱，也有影分身之术的夸张。