虽然三部曲的结尾，尼欧与机器城达成停火协议，将人类圣城从“哨兵”机器人的进攻下拯救出来，不过锡安还是在之后的机器城内战中遭到摧毁（墨菲斯可能是在那个时候牺牲）。

幸存的人类在一些叛逃机器的帮助下，建立了新的圣城艾奥。古希腊传说中，艾奥是宙斯的情妇，但是被嫉妒的天后赫拉变成了一头母牛。不过这个神话故事似乎和人类当时的处境没有什么关联，另一种解释是艾奥“IO”取自先前圣城锡安“ZION”的中间两个字母，代表这个城市脱胎自锡安，但没有起点也没有终点。

这可能是本片上映以后最具争议的话题，导演拉娜·沃卓斯基对此也没有进一步的解释，留下一堆懵逼的粉丝众说纷纭。所以目前网络上什么样的说法都有，比较令人信服的有两个：

1.崔尼蒂本来就是“the one”。

实际上在三部曲里，“架构师”（Architect）就已经对尼欧说过，“母体”世界里的救世主是事先安排好的，只是机器给人类提供的“安慰剂”。而尼欧之所以能在最后激发出真正的力量摧毁机器城周围的“哨兵机器人”，恰恰是因为他违反常规，选择拯救崔尼蒂而不是全人类。所以从这个意义上来讲，崔尼蒂才是真正的救世主。

2.崔尼蒂的能力来自尼欧

崔尼蒂在《黑客帝国2》里被特工射*之后，尼欧用手伸入她的体内取出了子弹并按摩她的心脏，这个镜头被认为是尼欧的“异常代码”与崔尼蒂相融合的结果，让崔尼蒂成为和尼欧一样的救世主。