只不过崔尼蒂后来死在前往机器城的“拉哥斯号”飞船上，没能得及释放她的潜力。

本作最大的反派是安德森的心理治疗师，也就是自称取代了“构架师”的“新母体”创建者——“分析师”。

关于“分析师”复活尼欧和崔尼蒂的动机还比较容易理解。他的研究发现只要抑制二人的记忆，让他们彼此靠近但又保持适当距离，能够让“母体”更有效地运作生产更多的电力，还能降低系统崩溃的风险。

但是这并不能解释为什么“分析师”要把“史密斯特工”的代码加入“母体”，毕竟正是因为他才造成了上一代“母体”的崩溃。

有些理论认为是“Bugs”将墨菲斯的“模态代码”解救出来之后，伪装的特工代码也被一并释放出来，然后再占据了尼欧合伙人的身体成为史密斯特工。问题是，“二层母体”只是尼欧自己编写的，史密斯的代码不可能在“母体”当中有能力与之抗衡，更不用说最后他可以匹敌“分析师”的子弹时间。

其实在三部曲的时候，先知就对尼欧说过，史密斯和他实际上是一体的。是系统算法为了平衡尼欧带来的异常状况而自动衍生出来的另一段“异常代码”，他们二者可以看作硬币的阴阳两面，一方的存在也必然导致另一方的存在，反之亦然。所以“分析师”在重置“母体”并且导入尼欧和崔尼蒂的源代码之后，就必然导致了史密斯的重生。

随后史密斯在“分析师”的控制之下监视尼欧（要求他定期参加心理辅导），但是随着尼欧的觉醒，史密斯的“特工”记忆也逐渐苏醒。他最开始将尼欧视作自己摆脱“分析师”控制的障碍，和“法国佬”梅罗文嘉联手袭击了尼欧一伙人。