为什么史密斯特工最后选择帮助尼欧只不过崔尼蒂后来死在前往机器城的“拉哥斯号”飞船上,没能得及释放她的潜力。
本作最大的反派是安德森的心理治疗师,也就是自称取代了“构架师”的“新母体”创建者——“分析师”。
关于“分析师”复活尼欧和崔尼蒂的动机还比较容易理解。他的研究发现只要抑制二人的记忆,让他们彼此靠近但又保持适当距离,能够让“母体”更有效地运作生产更多的电力,还能降低系统崩溃的风险。

但是这并不能解释为什么“分析师”要把“史密斯特工”的代码加入“母体”,毕竟正是因为他才造成了上一代“母体”的崩溃。
有些理论认为是“Bugs”将墨菲斯的“模态代码”解救出来之后,伪装的特工代码也被一并释放出来,然后再占据了尼欧合伙人的身体成为史密斯特工。问题是,“二层母体”只是尼欧自己编写的,史密斯的代码不可能在“母体”当中有能力与之抗衡,更不用说最后他可以匹敌“分析师”的子弹时间。

其实在三部曲的时候,先知就对尼欧说过,史密斯和他实际上是一体的。是系统算法为了平衡尼欧带来的异常状况而自动衍生出来的另一段“异常代码”,他们二者可以看作硬币的阴阳两面,一方的存在也必然导致另一方的存在,反之亦然。所以“分析师”在重置“母体”并且导入尼欧和崔尼蒂的源代码之后,就必然导致了史密斯的重生。

随后史密斯在“分析师”的控制之下监视尼欧(要求他定期参加心理辅导),但是随着尼欧的觉醒,史密斯的“特工”记忆也逐渐苏醒。他最开始将尼欧视作自己摆脱“分析师”控制的障碍,和“法国佬”梅罗文嘉联手袭击了尼欧一伙人。


