第一部：

名侦探柯南：计时引爆摩天楼

新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席。此即为事件的开端。此后发生了作为特殊火药的塑胶炸弹大量失窃的案件。那个自称凶手的男子打来预告电话，与柯南展开博弈。犯人再次向那里打电话。随后，凶手连续发来炸弹预告。城市陷入了恐慌

第二部：

名侦探柯南：第14个目标

柯南身边的人，目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭遇行凶。有着神秘关键字的扑克牌，被留在了犯罪现场。追查案件真相的柯南等人，奔向海上餐厅，在那里等着他们的，是新的*人大戏

第三部：

名侦探柯南：世纪末的魔术师

1999年，在世纪末的这年，于世间引发大*动的大怪盗。其名为“怪盗基德”。基德发出了要偷取帝国彩蛋的预告函。柯南去大阪追逐基德。那里除基德外还有一个人瞄准了蛋。基德用魔术玩弄警察于股掌之间。基德在解开预告函的柯南和平次两个人面前，悠然地偷走了彩蛋。就在柯南追击基德之时，响起了枪声。柯南在一探究竟前，发现了映出的古堡。可是，当晚，发生了*人案件。柯南等人来到古堡。但在城堡中发生了新的*人案件。少年侦探团秘密潜入城中

第四部：

名侦探柯南：瞳孔中的暗*者

发生了警察官被接连*害的案件。被*的两人，都紧握警察手册。柯南偶然和该案件遭遇。小五郎试图共同解决案件，而白鸟刑警却说出了一句“Need not to know”（没有知道的必要）。这是警察内部用语，表明案件与警察内部相关。从警视厅得到的情报中得知，小兰的性命也会被盯