基于流动的SPPS由于其对物理参数的控制和对副产物的抑制而获得了发展势头，以大大加速的形式开发了自动化快速流肽合成仪器，将酰胺键形成步骤减少到7秒，每个氨基酸添加的整个周期减少到40秒。

与现有的手动或自动方法相比，该技术提供了更高水平的化学控制，允许逐步化学全合成多肽和蛋白质长度超过50个氨基酸，反义磷酸二胺吗啉寡聚物，细胞穿透肽偶联PNA，蛋白质复合物。

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预测复杂肽自组装结果的能力一直是化学家面临的长期挑战。量子化学方法的发展已经为理解超分子自组装的分子基础提供了新的机会。最近，已经开发了计算工具来研究短肽库的关联和超分子行为。

采用粗粒度分子动力学快速筛选所有400种二肽组合，并预测它们聚集作为其自组装潜在前体的能力。所提出的模拟方案和评分方法允许快速确定给定的肽序列是否可能聚集，从而与先前报道的二肽自组装非常吻合。