首先，发菜从本质上看，是一种属于念珠藻科念珠藻属的蓝绿菌，虽然名为藻，但实为细菌，在生物学发展的早期，因为人们并没有意识到蓝藻是细菌，所以为之取名为“藻”。

发菜是细菌，与蘑菇并无什么两样，我们可以认为细菌的藻形态是它们向多细胞化的迈进，不过受制于细胞的复杂，蓝细菌一般先用丝状体连接成念珠状，然后通过分泌多糖形成公共胶质，最后被组成简单的形态结构。

仔细观察的话，不难发现，藻类细菌与植物最明显的一个区别就是没有分化的组织器官。其次发菜因为没有线粒体以及相应的细胞器，也就不具备叶绿体。

但是发菜是可以进行光合作用的，只不过不是通过叶绿体进行，而是在呈现绿色的营养细胞中进行。

发菜不仅味道好，而且营养丰富，但发菜还有一个更重要的作用——保护生态环境。由于发菜，取“发”(fà)的谐音“发”(fā)而写成“发菜”，有个潜在意思为“发财”，再加上其味道鲜美，所以成了广东菜肴上一道著名菜品。

不过发菜的野生资源稀少，在开采方面也较为困难，再加上长途运输的费用，所以发菜的价格一涨再涨，因此有很多人去西北发掘发菜，在西北荒漠掀起了采掘发菜的高潮。

然而当时的很多人都被利益驱使，并没有意识到发菜是藻类植物，丝状体中的异形细胞拥有固氮作用，可以吸收空气中的氮气，合成氨基酸，能够为土壤提供天然氮肥，而且耐高温、寒冷及干旱能力很强，对荒漠可以起到防风固沙的作用，所以发菜对于保护土壤植被、改良土壤质量、减少水土流失等都具有重要作用，具有高效的生态保护效益。

不过发菜生长缓慢，一年只能增长6%，收集不易，过度的发掘很容易造成了严重的环境问题，比如有调查研究发现，每开采2两重的发菜就相当于破坏16个足球场面积的草原，甚至有人认为采掘发菜是造成我国沙尘暴的主要原因之一。