这时的左宗棠并不是朝廷正式编制的官员，而是巡抚骆秉章的私人幕僚。作为幕僚的左宗棠主要的职责就是辅佐巡抚骆秉章处理一些文案工作。才华横溢的左宗棠处理事务井井有条，所以骆秉章对这位幕僚很是信任。到后来骆秉章甚至直接把衙门的很多公文直接交给左宗棠处理。左宗棠实际上是以幕僚身份参与了很多军政事务的决策。恰逢当时湖南永州的总兵樊燮被人举报。

骆秉章就把樊燮传唤到巡抚衙门问讯。这天樊燮来面见巡抚骆秉章，骆秉章却让他直接去左宗棠的公馆听候发落。樊燮见了左宗棠作揖行礼，谁知左宗棠竟要他下跪请安。樊燮好歹是个三品武官，所以觉得自己怎么也不能跪一个幕僚师爷吧？樊燮的想法如果从朝廷体制来看也没错，然而当时长沙官府的大小官员见了左宗棠确实是要请安的。这一是看在巡抚大人的面子上，二是大家对左宗棠的才能也是由衷佩服的。

在永州为官的樊燮不知道长沙官场还有这样的惯例，所以他当然不肯向左宗棠这个幕僚师爷下跪请安。正当两人争执不下时左宗棠骂了一句“滚出去”，然后直接把樊燮给轰出去了。对此怀恨在心的樊燮直接向咸丰皇帝写信指控左宗棠把持政务、欺凌官员。可想而知一个幕僚师爷居然能架空衙门政务、公然凌驾于朝廷命官之上这种事传到咸丰皇帝耳朵中时还是何等反应。

接到指控的咸丰皇帝立即下旨要求湖广总督官文彻查此事。咸丰皇帝表示：如果一旦查明左宗棠果有不法情事可以立即就地正法。身为湖广总督的官文当时正与湖南巡抚骆秉章政见不和，所以左宗棠此时的处境可谓是危险万分。事发后骆秉章以及左宗棠的好友郭嵩焘、潘祖荫等人立即设法展开了营救左宗棠的行动。在这一过程中曾国藩也四处请人找关系费了九牛二虎之力帮左宗棠解困。